MT4.1jaにアップグレードしようとして踏み台のMT3.36jaにアップグレードを試みたものの失敗しちゃいました（笑）。今はMT3.121jaに戻しています。

MT3.1から3.2で大幅に構造が変わったので、既存ファイルを残したままで何かするのが難しいみたいです。MT3.3系のドキュメントは豊富ではありません。
もう少し考えます。